Fichiers et registres
Une partie du catalogue des livres de la bibliothèque entrés avant 1982 n'existe encore que sous forme papier, avec indexation auteurs et matières : 102 registres appelés « catalogue vert » (pour les lettres A à G avant 1895) et 856 classeurs ou « catalogue marron ».
Les livres anciens sont catalogués dans le catalogue général de la bibliothèque. Le catalogage détaillé des ouvrages du XVIe siècle est en cours.
Les publications en série (comprenant 4 400 lettrine de périodiques et de collections) qui ne sont pas encore recensées dans le catalogue informatisé sont repérables dans un catalogue sur fiches.
Les documents iconographiques sont à rechercher dans les catalogues généraux de livres et de manuscrits de la bibliothèque.
Les photographies anciennes font l'objet d'un index sur fiches consultable dans la salle de lecture. L'ouvrage Éclats d'histoire. Les collections photographiques de l'Institut de France 1839-1918, Actes Sud - Institut de France, 2003, constitue une excellente introduction à ces collections.
Le catalogue des médailles et objets d'art conservés par la bibliothèque est consultable au bureau des renseignements de la salle de lecture.
Bibliothèque Delessert : pour les imprimés, 6 000 notices se trouvent dans la base informatisée. En revanche, les tirés à part et extraits de revues figurent au catalogue marron. Les manuscrits sont répertoriés dans le catalogue imprimé des manuscrits et son supplément.
Collection Lovenjoul : pour les imprimés de la collection, il existait un catalogue sur fiches en plusieurs tranches : ancien fichier sur la mezzanine, nouveau fichier pour les « petits romans ». La collection Lovenjoul est maintenant décrite dans sa quasi-totalité dans le catalogue informatisé des imprimés pour les livres et périodiques, et dans le catalogue Calames pour les manuscrits et objets.
Les listes des périodiques et des objets de la collection sont consultables au bureau des renseignements de la salle de lecture, ainsi que le catalogue dactylographié du fonds Madeleine et Francis Ambrière. Le catalogue des périodiques est en cours d'informatisation.